通关一遍后开启EX难度。
EX难度下敌兵数量会增加(包括摄像头)，同时敌兵生命值增加，装备增加(如Stage 01的那个看门人，装备为一把AK加上八件防弹衣)。
在难度大幅增加的同时，EX难度下每次过关获得的点数是Normal难度的两倍，方便了玩家刷分买卡。
EX难度才是真正的MGA，请真正喜欢MGA的玩家不要放过。
以下是snake122录制的EX难度全程视频，使用的存档为Normal和Extreme各通关一遍的全卡片存档。
全程0发现，全关卡S评价，大部分关卡是0杀(有的关卡必须杀)，COST方面尽力了，有几个是0 COST的。
序幕：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA5MzYzODQ4.html
纯剧情
Stage 01：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA5MzYyNTQ4.html
那个穿了8件防弹衣的看门人……
Stage 02：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA3NTMxMDgw.html
主要还是利用隐形迷彩进行突破。
Stage 03A：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA3Mzk1NzA4.html
炸墙这边会触发警报，但只要Snake不被看到最后结算评价时仍然是0发现，炸开后一路去终点。
Stage 06：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA3NTM4Nzg0.html
为了0杀敌兵都是弄晕，4：54那边用Raiden直接翻过去节省了不少时间(否则要进那个房间再换个门出来，下梯子然后爬过来)，而且直接击晕那个敌兵。(别问我被Leone杀死的那个人为什么还在房间里站着，也别问我Leone去哪里了)
Stage 07上：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA3NTUwNDk2.html
这关比较长，录的我都很没耐心，配合开门前进太无聊了……11：30那边别问我那个人为什么没看到Snake，我也不知道……难不成前面CQC那下把他弄瞎了？25分多到达最后那个场景时用悬挂直接落到下一层也节省了很多时间。
Stage 07下：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA3NzYzNDgw.html
第一场Boss战，一开始用Jehuty除去BOSS的装备就会比较省事，然后大量给Boss加COST自己却不停行动。至于烧到自己么……
Stage 03B：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA3NzU5Njc2.html
没说的，一路跑过去OK。
Stage 08：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA3NzYzODUy.html不得已大开杀戒了，我承认这仗打的很烂，居然还伤了……CQC的即死都看到了吧。
Stage 04B：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA3ODc5NjI4.html
这关非常短……穿个隐形迷彩直接过……声音不知怎么没了……
Stage 09上：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA4MzQyNjYw.html穿各式制服可以不被穿相同制服的敌兵攻击，但有了隐形迷彩就没必要了……那个终端机可以不去查看，大家都知道要炸墙的啊……
Stage 09下：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA4MzQ3MDUy.html
Boss战单挑Teliko，用了Fox Die，20 COST后就会挂，所以在不断地用卡然后削减COST使得每回合COST都是0。枪带的少了点，凑合着看吧。
Stage 10：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA4Mzg4ODY0.html
很简单的一关，打打靶……对于那个鼠标，我很抱歉……
Stage 11A：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA4NTcyMjcy.html
隐形迷彩直接过……
Stage 12上：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA4NTczNjgw.html
隐形迷彩直接过……
Stage 13上：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA4NTkxOTY4.html
这关为了0杀0发现实在是煞费苦心……几个场景敌兵实在是密集，只能用Genola把所有人搞晕然后抓紧突破。尤其是发射遥控导弹那里，为了让敌兵一直晕厥所以不断找Monster Beam给敌兵加COST。打的时间实在是长了……
Stage 13下：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA5MDEyMjgw.html
反正最后一个场景是要杀的，前面也就一并杀了吧……夜视镜看上去真的不很舒服……
Stage 12下：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA5MDEzOTA4.html
只要知道目标地点就非常简单啦，直接跑过去。
Stage 14：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA5MDE2NzM2.html
第一个场景全是机器人，但是如果扔了电子干扰手榴弹的话遥控导弹就不能用了，所以先花时间把机器人全部灭了……还好打死它们不算杀人数。第二个场景就穿了隐形迷彩一路走了。
Stage 14-1：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA5MzQ2MzY4.html
有一堆小兵在周围比较麻烦，战斗准备的时间也长了一点。但一旦准备好Leone就没机会行动了啊 -_,-
Stage 14-2：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA5MzUyNzQw.html
先要杀死守门人。而守门人是谁是随机的，我试了好几次才搞到这第一个敌兵就是守门人的……
Stage 14-3：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA5MzUyNzI4.html
0 Cost搞定Clown……其实运气足够好的话不用这么麻烦，可以一回合就搞定。我曾经让Teliko直接移动到Clown背后，然后使用Solidus的二刀流，运气好Teliko装备的回避卡和防弹衣没有发动，直接300×3杀死她。
Stage 14-4：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA5MzU4MTc2.html
最终Boss战对Metal Gear，随便打打了……一上来太奔放中了一发导弹啊＝＝
结局：http://v.youku.com/v_show/id_XMTA5MzQyMDY4.html
纯剧情