Metal Gear Acid通关一遍后存档由原来的白色变为红色。
读取通关存档可开启新一周目，并可以选择普通难度或EX难度，上一周目的卡片和点数会继承。
MGS3连携功能
一周目后主菜单界面的MGS3 LINK选项激活，此时通过USB将PSP与PS2连接(注意你的PS2中必须放入与MGA相同版本的MGS3)，进入MGS3游戏读取一个存档，你就会得到隐形迷彩和EZ gun。
注意此功能只存在于日版和欧版中。
MGA存档的其它用途
开始MGA2的新游戏时，如记忆棒中有MGA的存档，可以从该存档中继承一张卡片和MGA存档中的点数的百分之一。
MPO中，如果记忆棒中有MGA的存档，玩家通关一遍再读取通关存档开启新一周目时便和获得人物Teliko。
注意以上功能必须是相同语言版本的游戏。
MGA2存档继承图文介绍
开始MGA2的新游戏时，会提示是否从MGA的存档中继承数据，要求必须是相同语言版本的游戏存档。
如果记忆棒中有MGA的存档，可以从该存档中继承一张卡片和MGA存档中的游戏点数的百分之一。
可选择继承的卡片列表如下，其中编号、所属卡片包等信息已经是MGA2里的信息了，相应卡片继承后的功能也和MGA中的有所出入。具体选择哪张卡片继承，大家见仁见智啦。
注意一下最后两幅图卡片有重叠的部分。