不知何处的会议室里
秘书：“总统到了。”
总统：“各位好，很抱歉我迟到了。我必须道歉因为我的海岸护卫队似乎有点狂热。”
秘书长：“没必要道歉。处理这件事的最佳办法就是惩处每个单位的负责人。”
总统：“我感谢你的理解。”
秘书长：“人人为我，我为人人。”
秘书：“我很抱歉以这么简短的通告召集大家，但这是个严重的事件。”
主席：“这次又是什么事？”
首相：“是啊，让我们了解一下。”
秘书：“请允许我来说明情况。”
－黑屏－
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Lobito基地的某处
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一个女子在奔跑
（发送）
Teliko：“这里是Bravo，我找不到汇合点。”
HRT：“Bravo！不要靠近这里！”
－士兵出现－
－Teliko把他们打倒－
（发送）
Teliko：“这里是Bravo，Alpha收到请回答。”
HRT：“这里是Delta，我被包围了，请求支援。”
HRT：“见鬼，这里是Echo，啊！”
－Teliko继续奔跑－
HRT：“Bravo，请回答Bravo！情况还好吗？”
－士兵在追击Teliko，Teliko又将他们解决－
Teliko：“这里是Bravo，Alpha？Alpha在哪里？”
...
HRT：“嗯？什么...那看起来像...”
...
HRT：“Bravo...还活着么？汇合点在西侧的仓库里。”
－Teliko来到仓库－
Teliko：“！！！”
－Leone出现－
－士兵包围了Teliko－
Leone：“她一定是最后一个了。”
Leone的士兵：“走道B里的也全部消灭了。”
Leone：“搞定她。别让Clown发现她。”
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Lobito外的某处
GMT 01：13
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Roger：“这里是Roger。看起来你上岸了，Snake。”
Snake：“这里是Snake。抱歉让你久等了，Roger。”
Roger：“看见敌人了吗？”
Snake：“目前还没有。”
Roger：“Snake，HRT的Spenser部队在你之前被派遣进去，而现在我们与他们失去了联系。”
Snake：“HRT...那不是个基于SWAT的专门阻止恐怖活动的战术小组吗？”
Roger：“是的。但是...他们被全灭了。”
Snake：“我想我们不是在和一般的杀手打交道。”
Roger：“Snake，我们的任务只有一项。找到劫机者想要的东西...毕达哥拉斯。总部根据劫机者的要求判断毕达哥拉斯是在Lobito理化实验室里进行的一项研究的代号。但是我们并未从实验室那里得到回复。一群身份不明的雇佣兵在我们派去HRT之前已经占领了实验室。”
Snake：“你能告诉我关于毕达哥拉斯计划的情况吗？”
Roger：“详细情况现在还是个谜。”
Snake：“谜？为什么？”
Roger：“这个计划的总研究员Flemming曾为美国军方研发生化武器。”
Snake：“生化武器？”
Roger：“为了得到毕达哥拉斯的详细情况，你必须与Flemming接上头。”
Snake：“你有他的档案吗？”
Roger：“我只能搞到一些老照片。调查还在进行中。”
Snake：“顺便查一下是什么人占领了这里。”
Roger：“那个现在也在被调查。现在...我知道你有段时间没有参加实战了。Snake，潜入目标地点之前，你最好给自己热热身。首先，我们熟悉下移动。移动光标到你手头的‘基因士兵’卡片上。再选择‘移动’，你会看到你可以移动的距离。移动光标选择你要移动到的那一格。然后选择面对哪个方向。试一试，先移动到这里。”
－任务开始－
Roger：“就是这样。那里很好，现在选择北面。左下角的指南针会告诉你你现在面对的方向。看见那个白色的三角指向北面了吗？”
Roger：“好。你选了北面了。移动的最后一个步骤是选择姿势。你可以选择站立或匍匐，不过现在还是站着吧。从菜单中选择站立并按圆圈键确认。”
Roger：“做得好。我会等你到达门口再和你联络的。”
Snake：“好。”
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航班326
前一天
GMT 19:04
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－人偶出现－
Elsie：“这里闻起来真怪，姐姐。”
Frances：“那是维库溴铵，一种肌肉松弛剂，Elise。医生在手术中用它来缓解病人的疼痛。”
Elsie：“有人受伤了吗？”
Frances：“不，没有。我们只是劫持了这架飞机。”
Elsie：“酷...”
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－航班326上的炸弹的画面－
前一天
GMT 19:22
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Elsie：“那些人都会死吗，姐姐？”
Frances：“呃...我不知道。如果美国的头头脑脑们按我们要求的做，大多数乘客应该会活下来。”
Elsie：“太无聊了。我觉得所有人都应该死！”
Frances：“ 如果人都死了，我们就没有人质了。而没有了人质，我们就不能谈判。”
Elsie：“那么我们就去劫持另外一架飞机。”
Frances：“Elsie，你就不能安静会儿吗？”
Elsie：“为什么？”
Frances：“我现在得把我们的要求传达给控制塔。我们必须声明为此事责任。”
Elsie：“好吧，呃...我想我会安静的，但不会太久。”
Frances：“...控制塔，听得见吗？我们占领了326次航班，人命关天，我们手上有517位乘客。他们都暂时的被维库溴铵麻痹了。我们只有加大一点用量，这些可怜的乘客就会立刻死去。此外作为惊喜，飞机上的某处安了一枚炸弹。如果飞行高度下降到35000英尺炸弹就会爆炸。所以不要想让我们降落。我相信你不会想要做出那样的蠢事的，是不是？我们的要求是拿到藏在南非的一个实验室里的宝藏。它被称作毕达哥拉斯。把毕达哥拉斯交给我们，不要在上面做手脚。那么你们宝贵的乘客就会被释放。时间不多了。你们有10小时。让我们看看你们能不能在10小时内把毕达哥拉斯拿给我们。怎么拿到随你们的便，但是如果你们不快点，宝贵的生命就会失去。噢对了，你们恐怕希望我们不会发现，但我们已经确认Viggo Hach在飞机上。”
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前一天
GMT 19：55
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Charles：“那么恐怖分子想要毕达哥拉斯...我知道了。什么？Viggo Hach？那么他们的要求到底是什么？是么？他们的计划真不错。我不知道这些劫机者是什么人，但我真感谢他们现在出现。我们必须利用这个绝佳的机会。趁热打铁，像他们说的那样。是的，交给我好了。我会和一些高层谈谈的。开玩笑吧，Roger被安排处理这事儿？”
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前一天
GMT 20:14
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Roger：“Lobito岛属于南非的Moloni共和国。但Lobito理化实验室是一家公司属下的。”
Snake：“什么公司？”
Roger：“BEAGLE。世上最大也是最受尊敬的集团企业之一。但在表面的声誉背后，BEAGLE还是个谜。关于这次的事件无法和他们建立任何联系。不仅仅是Moloni的政府被禁止会见Flemming或是进入实验室，他们还声称这种行为是干涉非政府事务。”
Snake：“他们那么敏感干嘛？”
Roger：“到目前为止，Moloni一直饱受战争和冲突之苦。国际社会的援助使他们得以重建。但目前为Moloni提供最慷慨的经济援助的正是BEAGLE。”
Snake：“听上去Moloni政府并不想和他们的救星翻脸。”
Roger：“美国不会向恐怖分子妥协。没有和恐怖分子谈判的余地。那是展示给世界的正确的政策。但如果毕达哥拉斯不在几个小时内交到恐怖分子手上，326次航班上517条无辜的生命就会失去。这就是这次行动必须保持绝密的原因。但你不需要从我这里听到这些。”
Snake：“为什么选择我？”
Roger：“在你还在绿色贝雷帽服役的时候你是Roy最好的朋友。”
Snake：“Roy？Roy Campbell上校？”
Roger：“是的，他对你的评价非常高。”
Snake：“……”
Roger：“Snake，参议员Hach也在那架飞机上。是的，Viggo Hach，即将来临的总统大选的候选人。为了美国我们不能冒险失去Hach。我需要你的帮助，我们只要靠你了，Snake。”
Snake：“……”
－回到游戏－
Snake：“那儿有个梯子，Roger。”
Roger：“爬梯子和移动差不多。试着用‘防弹衣’来移动。大多数卡片都可以选择用来移动。按上或下键来选择移动。记住，除去一些特殊的卡片，一般来说可以移动三格。走到梯子面前，然后从菜单里选择‘爬上梯子’。你不能停留在梯子上。如果有人站在梯子上面你也不能爬上去。好了Snake，爬上梯子并面向北面。”
Snake：“好。”
Roger：“Snake，我忘了一件事。”
Snake：“你确定只有一件事？”
Roger：“有意思。我必须告诉你如何装备自己。有些卡片有‘装备’指令。选择‘正面回避LV.1’，选择‘装备’会突出右上角的装备栏。装备品会在战斗中发挥特殊的效果。按方块键来查看一张卡片的详细情况。按叉键退出卡片详情。选择，装备上‘正面回避LV.1’。”
Roger：“做得好，Snake。”
Snake：“这一个小孩也能干。”
Roger：“别毛躁，我必须确保你掌握基本知识。”
Snake：“我知道。我们继续吧。”
Roger：“每回合你只能使用有限次数卡片。”
Snake：“如果那个数字到了0会怎么样？”
Roger：“REST会显示在屏幕上方。上面的数字显示着卡片能被使用的最大次数。现在你的REST是0/2，所以你不能使用卡片了。按叉键叫出指令菜单并选择‘结束’。如果附近有个敌人，那么接下来就是他的回合。所以小心地选择。现在开始你回合可以抽取2张卡片。”
Snake：“好的。”
Roger：“我知道有点突然但请选择‘结束’。”
Roger：“看起来你明白了。”
Roger：“现在移动到这里。使用‘基因士兵’，面向北方。”
Snake：“明白。我准备好执行任务了。”
Snake：“我在围墙外面了。”
Roger：“能进去吗？”
Snake：“看上去围栏上有高压电。”
Roger：“有门吗？”
Snake：“是的，但门上有个挂锁。”
Roger：“把锁打掉并进入混合区。HRT应该为你留下了一些东西。一套潜入服和一把SOCOM被藏在海边的一个洞穴里。关于如何攻击目标——此时目标是挂锁，选择‘SOCOM’然后点‘使用’。”
Roger：“就是这样。现在穿过围栏潜入实验室。”
Snake：“好的。”
Roger：“Snake，你的心跳达到了每分钟145下。我检查了你到达目的地后的生理功能和运动状况，但有些和仪器不符的数据。”
Snake：“仪器？”
Roger：“是的，提供给你的潜入服装有一个存储身体数据的CHAIN系统。它不仅存储士兵的身体数据和环境信息，还具有远程提供药品的先进能力。这是它第一次用于实战，而且看上去有些不稳定。”
Snake：“好吧，我有段时间没有执行任务了，所以...”
Roger：“不，Snake，你现在的数据存储在CHAIN里。你的年龄和这个没关系，此外...”
Snake：“别跟我谈这些小细节了，有话直说好吗？”
Roger：“...好，这里我有个人想让你认识一下，Snake。这是Alice Hazel，一个极具天赋的超能力者。”
Snake：“超能力？”
Roger：“她由于她的超能力而出名，而且在解决多个案件中扮演了重要角色。她会精神感应、星体投射，还有个叫什么来着的...”
Alice：“遥视。我可以看到遥远的地方发生的事。”
Roger：“Alice将会是你的向导。她可以感受到实验室里的景象和发生的事。”
Snake：“Roger，你一定是在开玩笑。你希望我在看手相和水晶球的指导下执行任务？我这会儿对联线超能力者没兴趣。”
Roger：“但她可不是吹的。联邦调查局推荐她来的。”
Alice：“你不必相信我的天赋，但如果你不把我当作那些一次收几角钱的算命师我会很感激。让你把命交到我手上可能有点难，但你最好还是相信我。”
Snake：“……”
Roger：“Alice在与FBI合作的过程中找到了超过200名失踪人员。她虽然年轻但有良好的记录和绝对惊人的天赋。”
Snake：“……”
Alice：“我希望我们能合得来。”
Roger：“还有Snake...她恐怕没有你能提供给我们的老兵作战经验，但是...只是以防万一，好吗？”
Snake：“好，当然...”
Roger：“任何命令以外的行动都必须仔细考虑，我们可能会与你失去联络。”
Snake：“我知道。”
Roger：“那好吧，Snake。去大门那里。”
METAL GEAR AC!D
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Lobito实验室大门外
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Snake：“Roger，我到达大门了。”
Roger：“看起来如何？”
Snake：“我看见一些士兵守在门口。”
Roger：“那大门是你进入实验室的唯一途径。守卫在干嘛？”
Snake：“看起来他完全没有走开的意思。”
Roger：“看来你不管怎样必须让他离开,Snake。我不喜欢重复说过的话，但这是个绝密任务。隐秘前进是非常重要的。我相信里面的士兵都武装到牙齿并保持高度警惕地巡逻。如果那个守卫看见你并呼叫支援，你在几秒内就会陷入困境。那种情况下生存下来很难。”
Snake：“没错，我得保持警惕。”
Roger：“是的，我又要重复一遍了，但是远离敌人的视野实在是太重要了。战斗必须尽可能的避免。”
Snake：“明白了。说得够多了吧！”
Roger：“好吧，你必须通过大门。找出点方法分散那个守卫的注意。”
Snake：“对。是时候干活了。”
－游戏－
（呼叫）
Roger：“怎么样，Snake？能通过大门吗？”
Snake：“门口的守卫一直不走开。”
Roger：“我想起来了，对着墙壁选择‘贴近’来靠在墙上，选择‘敲击’来敲墙。你现在觉得可以通过了吗？基本上就是...”
Snake：“...发出声响来让守卫离开他的位置。”
Roger：“小心别被发现就行。”
Snake：“明白了。”
－游戏－
（发送）
Snake：“Roger，收到了吗？目标A完成了。”
Roger：“不错啊，Snake。又开始找到老感觉了吗？”
Snake：“还不够。我不能相信花了多少COST。”
Roger：“别担心，很快你就会熟练的。”
（呼叫）
？？？：“...这里是...Gary...Gary Murray...有人...在线上...吗？请...回...”
Roger：“你应该回答他，Snake。”
Snake：“Gary Murray？他是谁？”
Roger：“我不确定，但他正在使用先头部队的紧急频率。恐怕实验室里的某个人捡到了Codec。”
Snake：“可能是敌人。”
Roger：“和他说话，试着了解他的状况。我会查查‘Gary Murray’这个名字。”
Snake：“好吧。”
（发送）
Snake：“收到请回答，Gary。Gary Murray？请回答。”
Gary：“你是个美国人吗？你一定是设法从他们的攻击里活下来了。”
Snake：“差不多吧，你呢？”
Gary：“我是这个实验室的一名工程师，我叫Gary Murray。这里发生了什么?!这些士兵突然把我们赶出去然后我只知道我们被赶入了居住区被当成垃圾一样对待。我负责这里对动物进行的隔离和疾病预防试验。就是这些了。他们审问我这里真正的研究项目，可我什么也不知道。我真的什么都不知道。快点，你必须...救...我...在我们谈话的这会儿敌兵在巡逻...他们会...杀...我...！这该死的机器...坏...”
Snake：“我听得见，Gary。冷静下来，你在哪里？”
Gary：“...控制室...北大门。但敌兵...Flemming博士...在...东...”
Snake：“Flemming？你知道Flemming在哪儿？”
Gary：“噢，不...有人来...快，帮我...”
Roger：“很有可能是个陷阱。但如果他真的知道Flemming在哪儿，他可帮得上大忙。”
Snake：“他说他在北面的控制室里。”
Roger：“我们的卫星照片显示北面有栋建筑。Snake，前往那个控制室并找到Gary。然后问他Flemming在哪儿。我会试着重新与他建立无线电联络。去北大门。”
Snake：“好。”