Snake把他的橡皮艇藏好，确认没有人会发现后，靠在一棵树上给自己点了一根烟。送他来的潜艇此时应该在距海岸不算太远的地方静静地停下水下，等待几个小时后再把Snake接走。离开FOXHOUND后他已经很久没有体会到这种待遇了。他又想起了那艘“发现号”，现在恐怕已经退役了吧。如今Snake所在的地方是隶属于非洲的Moloni共和国的Lobito岛。Moloni的国防力量并不太强，甚至没有几艘军舰。但情报里也没找到可以从水下进入的地点，所以这次Snake乘潜艇接近然后放橡皮艇上来的。但是这次行动的时间仍然是仔细筹划的，躲过了几个美国的主要“不太友好”国家卫星从这里经过的时间。要是让他们发现有美国舰只出现在别国家门口……Snake觉得自己该和指挥官联络了，于是接通了Codec。这次的指挥官叫Roger McCoy，Snake第一次和他合作。
    Snake：“Roger，收到吗？”Codec立刻传回了声音：“是的很清楚，Snake，看来你已经上岸了。”
    Roger简短的向Snake介绍了最新情况，都是坏消息。来之前Snake已经接受了任务简报。有人劫持了326次航班，并在飞机上释放了有毒物质。机上共有517名人质，其中包括参议员Viggo Hach，他也是下一届总统候选人。劫机者要求美国政府叫出“毕达哥拉斯”，那是Lobito岛上的一间实验室里的研究项目的代号。而与此同时一伙身份不明的雇佣兵占领了实验室。Moloni共和国也公开声明不允许美国干涉其内政派遣军队。形势一片混乱。而现在Roger告诉Snake的是，先前被秘密派进去的HRT(Hostage Rescue Team，人质救援队)已被全灭，音信全无。此时距离劫机者提供的最后期限只剩下几个小时。Snake必须找到实验室的总研究员Flemming从而拿到毕达哥拉斯。然而更为复杂的是，美国政府竟然不知道毕达哥拉斯为何物。Lobito实验室隶属于一家名叫BEAGLE的公司。这家公司外表上道貌岸然，为其他处于战乱中的国家提供援助。而其背后却有被重重掩盖的神秘交易。
    Roger再一次向Snake重申了任务：“找到Flemming，拿到毕达哥拉斯。我们现在没有Flemming的详细资料，也不知道那伙雇佣兵是什么人。但是我们不能拿那517人质冒险，更不能失去Viggo Hach。你是我们唯一的希望了。”Snake觉得这句话很耳熟。他总是一个人。Snake检查了一下自己的装备。一把FAMAS突击步枪，一把SOCOM 0.45口径手枪，还有这一身潜入服。“Snake，提供给你的潜入服里装有一个存储身体数据的CHAIN系统。它不仅存储士兵的身体数据和环境信息，还具有远程提供药品的先进能力。这是它第一次用于实战，所以看上去有些不稳定……”多年来Snake早已习惯了任务中全程被监视，突然得知这点没有给他带来太多的不适。Snake觉得自己热身的差不多了，是时候开始任务了。于是他将FAMAS背好，再次确认了SOCOM的弹夹和消音器都没有问题，开始向实验室进发。
    通过实验室外的森林没有任何麻烦。一路上没有任何敌人的迹象。人在黑暗中其实可以看到周围的环境，只是盯着亮处会使你暂时失去对暗处的适应能力。Snake觉得自己没有必要使用夜视镜，毕竟他的主要战斗将会在建筑中进行。此时他已来到了实验室的外墙。实验室的最外围是一圈铁丝栅栏。从这里可以看到里面建筑间的灯光，但是看不到人。Snake观察了一下四周。这里有一扇门，但是上面上了锁。视野范围内找不到其它入口。Snake无法知道走到最近的另外一个入口要多少时间，他必须从这里通过。他静静地听了一会儿，确认周围没有其他人，于是用他的SOCOM瞄准了门上的挂锁。四声轻微的响动后，挂锁被打掉，门开了。
    “Roger，我进去了。”Snake报告道。Roger对这个进度很满意，但他不知道接下来他要说的话会有带来什么效果：“这里我有个人想让你认识一下，Snake。这是Alice Hazel，一个极具天赋的超能力者。”
    “超能力者？开什么玩笑，我们这是执行任务还是看水晶球预测未来？”Snake完全没有意料到会有这件事。他想起了Psycho Mantis。Snake对超能力者没有好印象。他没有宗教信仰，也不相信什么超能力。他只相信一把装了六发子弹的左轮枪不会连续射出七发子弹。
    Roger意料到了Snake的反对：“她的超能力可是小有名气，而且在解决多个案件中扮演了重要角色。她会精神感应、星体投射，还有那个遥视。Alice将会是你的向导。她可以感受到实验室里的景象和发生的事。她的超能力是货真价实的，联邦调查局推荐她来的。”
    Snake对遥视略知一二，CIA曾经搞过一个计划专门研究这玩意儿，不过自己没听说有什么成果。而要不是此次事件牵扯到美国国内的公司BEAGLE，想必FBI也不会参与进来。BEAGLE……Snake不由自主地联想到FOXHOUND……
    Alice：“你不必相信我的天赋，但如果你不把我当作那些一次收几角钱的算命师我会很感激。让你把命交到我手上可能有点难，但你最好还是相信我。”
    Snake吃了一惊，Codec里传来的声音似乎只属于个二十岁都不到的小女孩。相信一个如此年轻的孩子，一个说不定未成年的超能力者……Snake觉得这都不太靠谱。
    Roger：“Alice在与FBI合作的过程中找到了超过200名失踪人员。她虽然年轻但有良好的记录和绝对惊人的天赋。她恐怕没有你能提供给我们的老兵作战经验，但是...只是以防万一，好吗？Snake，相信她。”
    Snake知道过多的争执没有意义。“好吧，Roger，我会看着办的。”

    Snake来到了实验室的外围。前面就是大门了。Snake躲在建筑物脚下的阴影里，观察着前方的情况。门口有一名守卫在站岗，周围还有两个巡逻的哨兵。Snake掏出望远镜，仔细地查看这些身份不明的雇佣兵。他们都带着面罩，看不出是哪国人。每个人手持一把AKs74u突击步枪，这是改造的轻量伞兵型。所有人都配备着无线电通讯设备，Snake知道一旦自己被发现，大批的增援就会涌过来……Snake不知道他们是否会定时向上级报告情况，Snake也不能耗时间来确定这个。或许他们半小时报告一次……那么如果Snake把他们干掉，最终就有人会发现这里的异常。但Snake觉得自己必须冒这个险。或许敌人会以为是HRT的残留力量。自己只要不被看到就是安全的。反追踪是Snake的专长之一。
    Snake再次确定了视野内所有敌兵的巡逻路线。他发现每个人都有走到别人看不到的暗处的时候，那就是他下手的机会。Snake决定从左边开始。一名敌兵走向了两栋房子中间黑暗的走道中，于是Snake从另一侧绕了过去。从墙角后Snake探头观察到那人正伸懒腰给自己放松一下。于是Snake直接冲上去扭断了他的脖子。
    右侧停着一辆卡车，车旁有一名巡逻兵。只要把他引到卡车相对于大门的另一侧门口的守卫就看不到他。Snake捡起一块石子向那边的墙上扔去。那名巡逻兵果然向那边走去。躲在后边的Snake用SOCOM解决了他。
    现在只剩下门口的那位了。他很快就应该发现周围的巡逻兵都不见了。Snake知道必须速战速决，此时最直接的办法就是最好的办法。他移动到里大门最近的一栋房子前，从墙角突然跳出将守卫击毙。清理完毕。

    Snake通过大门，实验室就在眼前了。而这么复杂的建筑群，Snake毫无头绪。此时Codec想了，收到了陌生频率的呼叫：“...这里是...Gary...Gary Murray...有人...在线上...吗？请...回...”Snake不知道该不该回答，自己出现在这里是秘密的。但是Roger说：“回答他。他正在使用先头部队的紧急频率。恐怕实验室里的某个人捡到了Codec。”Snake也同意此时不能放过任何线索，毕竟自己还没有头绪：“收到请回答，Gary。Gary Murray？请回答。”那个Gary回话了：“你是个美国人吗？你一定是设法从他们的攻击里活下来了。”Snake很高兴Gary把自己当成了HRT：“差不多吧，你呢？”Gary：“我是这个实验室的一名工程师，我叫Gary Murray。这里发生了什么?!这些士兵突然把我们赶出去然后我只知道我们被赶入了居住区被当成垃圾一样对待。我负责这里对动物进行的隔离和疾病预防试验。就是这些了。他们审问我这里真正的研究项目，可我什么也不知道。我真的什么都不知道。快点，你必须...救...我...在我们谈话的这会儿敌兵在巡逻...他们会...杀...我...！这该死的机器...坏...”Snake：“我听得见，Gary。冷静下来，你在哪里？”Gary：“...控制室...北大门。但敌兵...Flemming博士...在...东...”Snake：“Flemming？你知道Flemming在哪儿？”Snake对这个Gary没有兴趣，Flemming才是他最关心的。Gary：“噢，不...有人来...快，帮我...”通讯中断了。
    Roger：“很有可能是个陷阱。但如果他真的知道Flemming在哪儿，他可帮得上大忙。”Snake同意这一点。这次的任务太模糊了，什么都不清楚，自己也只能冒险。既然Gary说他在北面的控制室，那就去北面好了。Snake讨厌这种被人牵着走的感觉。